第20話「迷える戦士」
スエズ攻略戦のため前線基地で調整を行うミネルバのもとへ議長からの増援ハイネが到着する。
彼を乗せ、出航したミネルバはスエズ防空網を急襲、圧倒的な戦闘力で敵地を壊滅させていく。しかし、敵にとどめを刺そうとしないアスランの姿にハイネは怒りをあらわにする。
第21話「熱砂の檻」
軌道上ではZAFT降下部隊に月艦隊が奇襲を加えていた、降下が行われず敵中に孤立したミネルバは次第に包囲され、ファントムペインまでもが現れる一方、アークエンジェルもまたスエズに程近い地にて「明けの砂漠」からの補給を受けていた。ZAFTスエズ攻撃の報を受け、アークエンジェルもまた戦いの空へ旅立つ
第22話「悲しみの戦場」
連合軍はオーブ戦での敗北を受け攻撃を始めようとしない。一番手を命じられたネオは、愚痴をこぼしながらも出撃する。戦闘は苛烈を極めたが、一瞬の隙をついたハイネがアビス(アウル)の体勢を崩し、その背中をシンのビームサーベルが貫いた。舌打ちをし撤退するネオ達、しかし狂乱するステラは従おうとしなかった。
第23話「鈍色の夕焼け」
ステラを援護するため立ちはだかったカオス(スティング)だったが、瞬く間に苦境に立たされるその時、上空から舞い降りたフリーダム(キラ)がとどめをさそうとしたグフイグナイテッド(ハイネ)の両腕を破壊その一瞬を見逃さず、カオス(スティング)のビームが貫く。憎きフリーダム(キラ)、尊敬するハイネの死にシンは激怒、フリーダム(キラ)へと挑みかかる。その上空では降下が開始されていた。
第24話 「ヴァーサス」 脚本 野村祐一
レジスタンスに裏切られたミネルバは敵陣の中に孤立。監禁中のシンもハイネの残したグフに乗り出撃する。それでも数で勝る連邦軍により窮地に陥ってしまう。その時、突如現れたMSが圧倒的な力でミネルバを援護しはじめる。だが、それを見たシンは雄叫びとともにそのMSに襲い掛かってしまう。
第25話 「償いのとき」 脚本 兵頭一歩
一時的に戦線を脱出したミネルバとアークエンジェルであったが、シンを庇ったカガリは重症を負う。カガリを心配するも機体の整備で動けないアスランであったがルナマリアに諭され病室に向かう。感謝しつつも警戒を怠らないタリアにマリューは優しく語り掛ける。そんななかキラはシンとの面会を希望する。
第26話 「過去との再会」 脚本 兵頭一歩
アークエンジェルと聞いて違和感を覚えるネオは自ら陣頭に立ち出撃する。バルトフェルドはミネルバを囮とする作戦を提案する。アーサーは反対するがタリアはその作戦にかけるしか敵陣突破はないとし作戦を受け入れる。カガリの傍にいてほしいというラクスの制止を振り切りアスランは出撃する。
第27話 「記憶と記録」
敵陣を突破しミネルバ内で会談したタリアとマリューが、病室では目を覚ましたアスランとカガリがこれまでの戦闘を語り合う。そしてキラはタリアにある要求をする。
第28話 「闇にうごめくもの」 脚本 両澤千晶
ステラとともにシンはMIAとされアークエンジェルに移されることなった。タリアはマリューにザフトに来ないかと再度誘うがマリューはやんわりと断る。アスランもカガリと再会を誓い再びミネルバにもどる。2艦が別れを迎えた。ジブリールと面会していたネオは標的をアークエンジェルに切り替える。